O comércio local é determinado pela agricultura. É o setor da economia cachoeirense que mais emprega. Estão presentes na cidade (especialmente nas ruas Júlio de Castilhos e Sete de Setembro) filiais de grandes lojas de repercussão regional, estadual e nacional, assim gerando e desenvolvendo o terceiro setor na cidade. Ainda há supermercados, farmácias, pequenas lojas . Há muitas instituições regionais sediadas na cidade que coordenam o comércio local. Dentre as principais, estão o Serviço Social do Comércio e a Câmara de Comércio, Indústria e Serviços de Cachoeira do Sul (Cacisc). Há também o Serviço de Proteção ao Crédito, o Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas e a Câmara dos Dirigentes Lojistas